Linux – 循环遍历Bash中的文件内容

如何使用Bash迭代文本文件的每一行?

使用此脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(后来我想做一些$p比输出到屏幕更复杂的事情。)


环境变量SHELL是(来自env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version 输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version 输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

文件peptides.txt包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

一种方法是:

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的,这会产生修剪前导空格,解释反斜杠序列以及如果缺少终止换行符而跳过尾随行的副作用。如果这些是问题,你可以这样做:

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下,如果循环体可以从标准输入读取,则可以使用不同的文件描述符打开文件:

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里,10只是一个任意数字(不同于0,1,2)。


cat peptides.txt | while read line
do
   # do something with $line here
done

选项1a: While循环:一次一行:输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

选项1b: While循环:一次一行:
打开文件,从文件描述符读取(在本例中为文件描述符#4)。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo $p
done

选项2: For循环:将文件读入单个变量并解析。
此语法将根据标记之间的任何空白区域解析“行”。这仍然有效,因为给定的输入文件行是单字标记。如果每行有多个令牌,则此方法不起作用。此外,将整个文件读入单个变量对于大文件来说不是一个好策略。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
filelines=`cat $filename`
echo Start
for line in $filelines ; do
    echo $line
done

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